胧月弥夜，一名年仅十七岁的女高中生，同时也是伊贺流忍者的继承人。

与伊贺流忍者相对是另一支传统的忍者流派——甲贺流。

两支著名的忍者流派以村落为单位居住在一山南北的两谷之中，甲贺村居于卍谷的和伊贺村居于锷隐谷。

历史上，伊贺与甲贺两支忍者流派的关系可以用相爱相杀来形容，两村世世代代仇恨纠葛不断，但归根结底，都是可悲的幕府政治下的牺牲品。

传说1614年，正值幕府将军德川家康统一日本，结束了诸侯割据的战国时代，建立了幕府统治体制。为了巩固政权，德川家康决定消灭具有潜在威胁性的忍者势力。400年来两个村落一直处于敌对状态。为了维护和平，双方祖先曾订立了约定，互不往来但定期比武决胜负。一个偶然的机遇，身为两个忍者村落继承人的年轻人在不知彼此身份之下相识，进而坠入情网，但殊不知，等待他们的却是无可抗拒的悲惨宿命。

德川家康展开政治密谋，废止了伊贺与甲贺之间的和平约定，并以选择幕府的下任统治者为由，命令两个村落间各派出最优秀的忍者进行对战。这些忍者个个身怀绝技，却被人利用仇恨陷入政治阴谋之中进行殊死决斗，两个原本相爱的年轻人因为氏族荣誉的原因，迫不得已成为敌人刀剑相向，挣扎在爱情与仇恨的边缘。然而，在两派忍者进行决斗的同时，幕府的大军悄悄开进位于深山中的两个村落，将大炮对准了无辜的居民，几乎荡平了甲贺村的 卍谷的和伊贺村的锷隐谷，将他们抹杀在历史的长河之中。

忍者，作为一种霓虹国的特殊职业，主要活跃在战国时代。

“忍”即“隐”，简单的解释就是一种受过特殊“忍术训练”而产生出来的特战杀手或间谍。忍者们接受忍术的训练，主要从事间谍活动。像日本武士的武士道一样，忍者也遵循一套自己引以为荣的专门规范。忍者的工作，主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动。

真实的忍者历史其实是一部残酷史，他们的地位不仅十分低下，而且执行任务失败要死，被人抓了要死，还要烧毁自己的脸让别人看不出……