而明朝廷看到《告大明全体军民书》时，孙承宗闭上双眼一声不吭。而杨涟等人则鼓动崇祯再次发兵攻打杨林。
但是崇祯不傻，他看完檄文，一声长叹：“杨林是把‘昏君’二字写在了朕的脸上。”
自此后，明朝廷再不敢发兵攻打杨林。而杨林正在操练兵马，准备发动对漠南蒙古的进攻。意图彻底切断后金与其的联系。
崇祯二年春四月，正是草原上青黄不接、人马羸弱之时。杨林率一万汉夷精骑，一人双马，长途奔袭。对归附后金的敖汉部、奈曼部、巴林部、扎鲁特部发动突袭。一月之内，七战七捷。彻底降服诸部。
杨林将所有与后金有姻亲关系，和支持后金的部落首领和贵族以及家眷，全部就地处决。他告诉这几部的首领和贵族，我不管你们干什么，不准再和建虏有联系。这是底线，否则，我灭你们全族！
在这次北征漠南蒙古的战争中，杨林为感谢科尔沁部三位贝子的配合与带路。指定他们为“大明漠南蒙古商贸总代理商”。
通俗的说，就是叆阳等地出产的商品，都统一发给科尔沁部的这三位贝子。至于你们怎么卖、卖多少钱，我不管。只要不卖给后金就行。但是，咱们之间的商路，你们得派人保护。确保安全。
三位贝子成了“总代理商”之后，科尔沁部迅速富裕起来。部落里的年轻人争着去护送商队，因为护送一趟商队的赏赐，比抢一次草场赚得还多。
科尔沁部从上到下，谁还敢提“投靠后金”？不用大明官军动手，三位贝子就把他们收拾了。
杨林又派马勇出使在明金之间摇摆的喀喇沁部。先是带去大批的茶叶、盐巴、布料、铁锅等草原上最缺的商品。就当部落首领和贵族们以为大明要开出苛刻条件时。
马勇告诉他们，只要不和建虏勾连，这样的物资每月送你们一回。但是，你们要是在明金之间两头下注、摇摆不定。下次来的就不是商队了，而是杨总兵的大队骑兵。
就这一个条件？
首领和贵族们面面相觑，简直不敢相信。他们习惯了后金那种“不给就打、打了再谈、谈完再抢”的套路，突然遇到一个“白送东西、只要求你别和敌人来往”的大明，反而不知所措了。
但是听到马勇那句警告时，他们才如梦初醒——这不是恩赐，这是最后通牒。
首领和贵族们当场表态：“我部愿与大明交好，绝不再与建虏勾连！”
后金得知消息，本要出兵重新打击蒙古各部。但是自身实力有限，缺粮严重，未能实现这一目标。至此，后金在蒙古的羽翼基本被剪除。
崇祯二年十月，杨林率三万汉夷大军入后金境。四处纵火破坏其秋收。
皇太极忍无可忍，率八旗与杨林首站于萨尔浒山下，。再次被明军强大的野战炮火击溃，损失人马三千余众。后金弃守萨尔浒山城。
数日后，两军再战于抚顺城外，明军借助优异的步炮协同，先以炮火击乱后金军阵型，后以步甲贴身近战。最后双方骑兵对决。
双方激战大半天，后金军在士气、装备、训练度等方面均不及明军，最后大败，折损人马近万。大小将领死伤数十，元气大伤。
皇太极知道杨林是铁了心要后金的命，因此数次乞合均遭到拒绝。后金此时的人力已达极限，勉强能凑够四万老弱掺杂的大军。
皇太极硬着头皮，率军与杨林三战于界藩城下。不料开战仅一个时辰，便被明军张祝部突破左翼，全军大溃。死伤无数。至此双方决战，后金耗尽最后一丝力量告终。
皇太极带领残军狼狈撤回赫图阿拉。不料，一日后杨林率大军围城。
围城期间，明军从后方不断调集人力、物力支援前方。仅是一个月，围城兵力就增加到三万八千人。
此时杨林试种的新农作物，经过多年摸索种植，已完全适应辽东气候土壤。产量连年增加。围城大军粮食充足，全赖这些新农作物的收成。
崇祯三年二月，赫图阿拉被围四个月。城中基本无粮可用。兵民面黄肌瘦，先是杀马充饥，然后捕捉虫鼠食用，再后吃草根树皮。
又一个月后，城中连草根树皮都已吃尽，有病饿死者，本分而食之。
皇太极派人出城乞降，杨林直言：“尔等窃据辽东二百年，掠杀奴役汉夷百姓无数，类比禽兽、罪虐滔天！我今吊师伐罪、替天行道，不接受尔等乞降！”
皇太极在绝望中，派军出城突围。均被明军击退。又十天后，城中一片死气，毫无声响。
杨林遂发起攻城，以重炮轰开数段城墙。突入城中方发觉城中已无活人，尽皆饿死。
经过严查，皇太极于宫中自缢而死。其他家族人等，皆死于饥饿。
杨林对此道：“罪有应得！”
至此为祸辽东十几载的建州女真叛乱，彻底平定。
杨林命人找到李永芳、孙得功、范文程等汉奸尸体，以铁水将其尸体浇成跪姿铁像。
将李永芳跪于抚顺城下；将孙得功跪于广宁城下；将范文程跪于沈阳城下。三名汉奸，至此生生世世不得翻身托生，向被他们害死的军民谢罪！
杨林遂向明朝廷报捷。并将后金伪官印、旗帜等送往京师。以彰大明武功。
明朝廷虽然恨死杨林，但是表面功夫还得做。给杨林加封太子太保，赏赐蟒袍一件、玉带一条等赏赐，又晋升其手下将士等。却只字不提银钱奖赏。因为没钱啊。
此时镇江堡海贸税收逐年增加，以达六十万两白银之巨。若是算上其它税收等，全年可达近百万两白银。所以杨林自己奖赏将士。
明朝廷随后就以建虏已平定为由，调杨林进京入职。可是在陈良策、邢云衢等人策划下，以辽东军民不让杨林离任为由。化解了朝廷的险恶用心。
