锦衣卫的南镇抚司，是一个不对外机构，其主要职能为管本卫刑名及军匠。也就是包括了军械营造，军马畜养，军匠管理同时负责本卫军纪。由于锦衣是个自成系统的机构，任何锦衣卫犯罪，都不经过法司处置，而是由南镇抚司负责处理。换句话说，南镇抚司就是管锦衣卫的锦衣卫，也可以看做是先兵。

而锦衣亲军都指挥使司指挥，也就是人们常说的锦衣卫指挥使，虽然从名义上统管南北镇抚司，但是两个抚司都各自铸有大印，且有独自上奏......