在山西、河南两方巡视组各自取得进展的同时，八月中旬，刘衍下令在两京一十三省各设驻防总兵一人、副总兵一人，负责统领本省各营驻防军兵马。不过国防军总兵官的级别是从一品，副总兵是正二品，而驻防总兵是正二品，副总兵是从二品。

此番下达命令，刘衍特别关注四川，特命秦良玉为四川总兵官，以其子马祥麟为副总兵，立即在四川落实军改之策。同时严令兵部左侍郎、四川巡抚陈士奇在四川各地严格落实新政之策，以半年为期观......